通过章程自治实现公司自治，这也是新
公司法对于公司章程功能和作用的定位。具体地说，公司章程的功能和作用主要表现在：
其一，鼓励投资，提高效率，降低公司设立的门槛。公司的设立条件影响到市场准入，尤其是苛刻的公司资本制度等强制性要求，将极为打击广大投资者的投资热情，限制了市场主体的数量，对市场机构和经济发展不利，最终将影响
公司法“促进社会主义市场经济发展”之立法目的的实现。基于此，除降低股份有效公司和有限责任公司注册资本最低限额外，在施行注册资本分期缴纳时，《
公司法》允许用公司章程规定出资时间；在有限公司，可以用章程规定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资，可以用章程规定股东不按照出资比例行使表决权；这些都是鼓励投资和公司自治、提高市场效率、促进公司法立法目标实现的有效制度设计。
其二，提升公司治理水平，鼓励管理创新。公司的创新不仅体现在产品的创新上，更体现在公司管理体制层面的创新上。公司章程在公司治理中具有十分重要的制度架构能力。在以往的公司运作实践中，公司章程往往成为形式化的公司文件，其内容千篇一律，导致公司内部的制度结构“千人一面”，没有发挥章程应有的功能。在公司的治理结构层面，新
公司法允许通过公司章程进行公司自己的治理结构安排：可以由公司章程规定由董事长、执行董事还是经理担任法定代表人；对于股东会、董事会的议决程序，除法律有规定的以外，可以由章程规定；经理人的权限可以由章程来规定；有限责任公司可以用章程规定不按照出资比例行使表决权；公司可以用章程规定不按照出资比例分红，等等。
其三，保护公司、股东和债权人的合法权益，寻求利益主体权利冲突的平衡点。公司章程的此项功能是
公司法的立法目的之一，也与
公司法的性质认定密切相关。诚然，
公司法渗透着国家强制和国家干预的因子，其中有强制性规范或禁止性规范，也强调商人对
公司法的强制性规范和禁止性规范的遵守，违反这些规范时要承担相应的法律后果，但是，无论
公司法的强制性规范或禁止性规范有多少，
公司法的首要性质仍然是其私法性而非公法性，私法性是
公司法的本质特性，公法性只是
公司法的非本质特性，强调
公司法的公法性只是为了确保
公司法的私法性的实现，而不是取代
公司法的私法性。因此，
公司法的私法性质决定其要以保护公司、股东和债权人的合法权益为己任。但是，
公司法对上述利益主体的保护性规定过于原则，因此对股东等主体的合法权益的保护需要公司章程加以具体化，需要公司章程提供权益受侵害时的救济方式。也就是说，
公司法在自身贯彻该理念时，也把这一任务赋予了公司章程，使两者共同承载了这一使命。
