根据“谁主张、谁举证”原则，知识产权民事诉讼举证责任分配的基本内容是：主张权利的当事人，应对权利存在的法律要件事实负举证责任；主张权利因受妨碍而不存在的当事人，应对权利受妨碍的法律要件事实负举证责任；主张对方的权利变更或消灭的当事人，应对利益变更或消灭的法律要件事实负举证责任；主张权利受限制的当事人，应对权利受限制的法律要件事实负举证责任。
在知识产权合同纠纷案件中，主张合同关系成立并生效的一方当事人对合同订立和生效的事实承担举证责任；主张合同关系变更、解除、终止、撤销的一方当事人对引起合同关系变动的事实承担举证责任。对合同是否履行发生争议的，由负有履行义务的当事人承担举证责任。对代理权发生争议的，由主张有代理权一方当事人承担举证责任。销售侵权产品的销售商应对其销售产品的来源合法承担举证责任。
当事人向人民法院提供证据，应当提交原件或者原物。如需自己保存证据原件、原物或者提供原件、原物确有困难的，可以提供经人民法院核对无异的复制件或者复制品。当事人向人民法院提供的证据系在中华人民共和国领域外形成的，该证据应当经所在国公证机关予以证明，并经中华人民共和国驻该国使领馆予以认证，或者履行中华人民共和国与该所在国订立的有关条约中规定的证明手续。当事人向人民法院提供的证据是在香港、澳门、台湾地区形成的，应当履行相关的证明手续。当事人向人民法院提供外文书证或者外文说明资料，应当附有中文译本。当事人应当对其提交的证据材料逐一分类编号，对证据的来源、证明对象和内容作简要说明，签名盖章，注明提交日期，并依照对方当事人人数提出副本。
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》和欧盟主要国家民事诉讼法规定一样，规定了免于举证的情形和民事诉讼中的自认制度。当事人对以下事实无需举证证明：众所周知的事实；自然规律及定理；根据法律规定或者已知事实和日常生活经验法则，能推定出的另一事实；已为人民法院发生法律效力的裁判所确认的事实；已为仲裁机构的生效裁决所确认的事实；已为有效公证文书所证明的事实。但是，除自然规律及定理外，当事人有相反证据足以推翻前述事实的，主张事实成立一方仍应承担举证责任。在诉讼过程中，一方当事人对另一方当事人陈述的事实明确表示承认的，另一方当事人无需举证。但涉及身份关系的除外。对一方当事人陈述的事实，另一方当事人既未表示承认也未否认，经审判人员充分说明并询问后，其仍不明确表示肯定或者否定的，视为对该项事实的承认。当事人委托代理人参加诉讼，代理人的承认视为当事人的承认。但未经特别授权的代理人对事实的承认直接导致承认对方诉讼请求的除外；当事人在场但对代理人的承认不作否认表示的，视为当事人的承认。当事人在法庭辩论终结前撤回承认并经对方当事人同意，或者有充分证据证明其承认行为是在受胁迫或者重大误解情况下作出且与事实不符的，不能免除对方当事人的举证责任。
（三）知识产权民事诉讼举证责任的倒置及其完善
在举证责任分配问题上，除“谁主张，谁举证”原则外，有关法律和司法解释还规定了举证责任倒置的特殊情形，以作为对“谁主张，谁举证”一般原则的补充。对举证责任分配一般原则的补充在我国民事实体法和民事诉讼程序法中都有规定。在知识产权民事诉讼中，有明确法律依据的举证责任倒置问题只存在于方法专利侵权诉讼中。我国《专利法》第57条第2款规定：对发明专利产品制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品的制造方法的证明。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第4条第1项也明确规定了相同的内容。
生产产品的方法是在生产制造过程中使用的，专利权人很难进入对方的企业获取相关的直接证据，以证明被告的生产方法与原告的专利方法相同。若由原告举证，往往因举证困难而使专利权人处于不利地位，显然不利于保护专利权人的合法权益。因而世界贸易组织TRIPS协定第34条规定：“在专利侵权民事诉讼中，如果专利的内容系获得产品的方法，司法当局应有权责令被告证明其获得相同产品的方法不同于该专利方法。所以，成员应规定：至少在下列情况之中，如无相反证据，则未经专利所有人许可而制造的任何相同产品，均应视为使用专利方法而获得：（a）如果使用该专利方法而获得的产品系新产品；（b）如果该相同产品极似使用该专利方法所制造，而专利所有人经合理努力仍未能确定其确实使用了该专利方法。任何成员均应有自由规定：只有满足上述（b）规定之条件，被指为侵权人的一方，才应承担相应的举证责任。在引用相反证据时，应顾及被告保护其制造秘密及商业秘密的合法利益。”该规定对欧盟成员国的专利诉讼立法产生了重要影响，如法国原民事诉讼法典中没有类似TRIPS协定第34条的规定，遂于1996年12月18日通过96-1106号增补法律，作为法国知识产权法典第615-5-1条，该条规定完全照搬了TRIPS协定第34条内容。从我国《专利法》和有关司法解释的规定看，专利方法侵权诉讼举证责任的规定基本上符合TRIPS协定精神，但也有差距和缺陷，应从以下两方面完善：
其一，应当规定原告承担适当的举证责任，防止不适当地扩大被告的举证范围。不仅应规定原告应证明专利权的存在、损害事实的发生等原告主张的其他事实，而且应向TRIPS协定第34条那样，规定原告必须在经合理努力仍未能确定被告确实使用了该专利方法后，才能由制造同样产品的单位或者个人承担其产品的制造方法的举证责任。从该角度上讲，方法专利侵权民事诉讼的举证责任分配上，只是减轻了原告的举证责任、加重了被告的举证责任，而不能完全将举证责任倒置给被告承担。
