在庭前证据交换的规定上，商业秘密诉讼案件十分特殊，必须区别对待。如果在诉讼阶段，原告的商业秘密或其他知识产权案件如计算机软件涉及的当事人的秘密信息仍属于秘密信息而未被公开，庭前证据交换就难以操作或不宜适用。提交拥有秘密信息证据的一方当事人一般都要求法院不得向对方当事人提供，而这些证据材料往往是案件审理的关键证据或核心证据，如原告的秘密技术工艺资料、软件著作权中的源程序证据等。由于商业秘密的价值主要取决于其秘密性，竞争对手所觊觎的就是这些秘密信息或资料。证据交换的相对公示性很容易使这种秘密性丧失，使证据提交方的权益可能因诉讼证据的交换而遭到再度侵害。
最高人民法院的司法解释却只笼统规定“人民法院对于证据较多或者复杂疑难的案件，应当组织当事人在答辩期届满后，开庭审理前交换证据。”涉及商业秘密的案件，该条显然不适用。商业秘密案件不仅不能简单适用庭前证据交换规定，而且在正式开庭审理的法庭调查阶段也不宜公开出示和质证。即使披露商业秘密的证据对于审理案件是必需的，也不宜直接向当事人披露，可借鉴美国法院的一些作法。美国法院在实践中认为若该当事人的商业秘密对案件影响大，披露商业秘密确有必要的，法院可以根据一方当事人的申请命令另一方在不会泄密的情况下，披露商业秘密证据，如只许申请方的代理律师或有关专家查验该证据资料。
2、变更、增加诉讼请求或提起反诉的期限限制未能和庭前证据交换相互衔接，有失程序公正和效率原则。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第34条第2款的规定，当事人增加、变更诉讼请求或者提起反诉的，应当在举证期限届满前提出。这种规定，比原《民事诉讼法》中当事人有权在法庭辩解终结前变更、增加诉讼请求或提起反诉的规定有所进步，能防止当事人在开庭当时搞诉讼袭击，避免了一些不必要的延期重新开庭，提高了审判效率。但是，这种规定必须有庭前证据交换相配合。在双方进行证据交换前，对是否变更、增加诉讼请求或被告反诉很可能因缺乏对全案证据的综合判断而难以草率提出。有的变更、增加诉讼请求或提起反诉只能在双方交换完全部证据后才能作出决定。而从该司法解释对庭前证据交换的规定看，与当事人变更、增加诉讼请求或提起反诉的规定有所脱节：一是没有规定庭前证据交换必须进行，有可能会出现部份案件的审理并未交换证据的情况；二是没有限定庭前证据交换的时间必须在举证期限内完成。在审判实践中，有的证据交换是在举证期限届满后进行的。这种脱节，必然导致部份当事人在缺乏对该案证据进行综合判断的基础上，要么草率变更、增加诉讼请求或提起反诉，要么放弃变更、增加诉讼请求或提起反诉的权利，其结果是当事人的实体权利因举证期限届满而不得不通过另行起诉的方式予以保护，增加了当事人的讼累，也从另一角度影响了审判效率。解决此问题的办法是庭前证据交换的时间尽量安排在举证期限届满前进行。对于在举证期限届满后进行证据交换的，如果当事人提出了变更、增加诉讼请求或提起反诉，人民法院应当审查其请求与证据交换的关系是否密切。如果确因交换证据后才能决定其请求的，人民法院应当允许当事人在原定举证期限届满后提出变更、增加诉讼请求或反诉，重新指定举证期限。
3、逾期举证的法律后果过分严厉和刻板，损害诉讼公平和效益原则。《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第34条和第43条规定：当事人应当在举证期限内向人民法院提交证据材料，当事人在举证期限内不提交的，视为放弃举证权利。对于当事人逾期提交的证据材料，人民法院审理时不组织质证，但对方当事人同意质证的除外。当事人举证期限届满后提供的证据不是新的证据的。人民法院不予采纳。在知识产权民事诉讼中，该规定虽然在促使当事人及时举证、提高审判效率方面确实起到了一定作用，但也带来了不可忽视的消极问题，特别是在部分未搞庭前证据交换的案件中更为突出。没有在举证期限内举证的证据，有的是属于《民事诉讼法》第125条第1款和《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第41条规定的“新的证据”。但有的证据不是“新的证据”，其产生原因是多方面的，有的是由于在开庭审理特别是法庭辩论前当事人不全面了解对方反驳观点和反驳证据的情况下造成的，有时在经过法庭辩论会才发现原来认为不太重要的证据却成了争议事实或处理结果关键性的证据。这种举证期限届满后一方提供的颠覆性证据对案件处理结果具有重大影响，对方当事人通常不会同意质证。在这种情况下，法官只能根据经过质证后的证据作出事实认定，其结果必然严重违反客观真实，形成明知其判决错误又不得不这样判决的尴尬局面。如果原告逾期举证，为了避免不利判决结果，被迫撤诉后重新起诉以重新获得举证期限，增加了当事人的讼累。如果被告或无独立请求权的第三人逾期举证，则不得不接受裁判明显不公平的结果。在逾期举出颠覆性证据但又不属于“新的证据”的情况下，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第34条和第43条严厉而刻板的规定损害了法律最基本的公平、正义和效益价值，违背了TRIPS协定第41条第2款所规定的“知识产权执法程序应公平合理”的精神，已在审判实践中产生了消极影响。建议对该司法解释第34条第1款和第2款作如下修改：“当事人应当在举证期限内向人民法院提交证据材料。在举证期限内不提交的，人民法院审理时一般不组织质证。但下列情况除外：（1）
