事实上，村委会在很大程度上变为乡镇政府的“打工者”，变成管理村民的“二政府”，村民自治的“当家人”变为政府行政管理的“代理人”。29这种关系的改变在前述各地村委会组织法实施办法里隐约可见：“协助工作”强化为“完成任务”，“教育和推动村民履行法律规定的义务”被强化为“组织村民完成乡、民族乡、镇的人民政府依法布置的各项任务”。在一些部门立法中，也可见到村委会的职责被层层加码的趋势。例如，《
统计法》要求村委会“如实提供国家统计调查所需要的情况”，到了该法《实施细则》，变成由村民委员会指定专人负责行政村的统计工作，后者“在统计业务上受乡、镇统计员领导”。又如，《
消防法》规定村委会“开展群众性的消防工作，组织制定防火安全公约，进行消防安全检查”，乡镇人民政府予以指导和监督。公安部的《
消防监督检查规定》紧接着就把村委会作为公安行政管理的相对方：“公安派出所应当对村民委员会履行消防安全职责的情况进行消防监督检查。”连民政部也认可了这种职能强化的趋势。1990年民政部下发的《关于
在全国农村开展村民自治示范活动的通知》，把“完成乡（镇）政府依法布置的各项国家任务”作为村民自治示范村的标准之一。虽然法律文件里常常限定以“依法”、“法律、法规规定”等字眼，但村民们哪里辨别得清？
与前述强化村委会义务的法律规定相比，乡镇政府对村委会实际上的控制更值得关注。农村改革后，乡镇对村级治理的影响方式主要有：行政干预，干部任职，财务监控，价值分配，支持协助，情感沟通。30其中人事和财务控制又是最根本的控制。
先说人事。村委会组织法只字未提政府对人事方面的干预，《
村民委员会组织法》甚至规定村民委员会的选举，由村民会议或者各村民小组推选产生村民的选举委员会主持。但乡镇政府普遍干预选举。从选举的时机、候选人的产生、对选举的监督、选举结果的宣布和任命，无不有政府的影响。山东省莱阳市委1999年52号文件规定，村“两委”（村支部委员会和村委会）成员表现不佳（如不能按时完成上级党委政府下达的各项工作任务），予以“诫勉”。 31浙江一位乡镇书记坦言：“由镇里确定村干部有利于政府意志的贯彻执行。否则，许多工作便难办。”32
再说财务。从法律上，村集体财产村有、村管、村用，乡镇政府无从插手。但近年来一种新的名堂――村有乡管――在各地兴起。一些地方村干部的工资由乡镇政府确定数额，甚至直接由政府发放33，村财务收支由乡镇政府审核。“村有乡管”既作为典型经验加以介绍，34也被一些高层文件予以认可。35虽然初衷是保障村务公开和廉洁，或者在费税改革中保障村干部工资的发放，它的潜在后果是村干部受到乡镇政府更牢固的控制。36一些新闻报道和社会调查提到，乡镇政府对不听话的干部“扣工资”。这也只有在乡镇政府掌握了村级财务后才有可能做到。
这里特别要提到共产党基层组织的作用。1998年的《
村民委员会组织法》完善了村委会选举制度、强化了村民会议职权，但同时增加了共产党基层组织的“领导核心”地位的规定。这项规定是对《
中国共产党农村基层组织工作条例》等一系列文件的肯定。37实践中，不少村党支部“一元化”领导，党支部书记“当家”，村支书几乎包揽了村委会的全部工作，个别村的财务批核权也都由村支书统揽起来。村民们有什么事也不找村委会，而是找村支书。村委会成了“核心”之外的“外围”，行使村民自治组织的职权难以落实。一些文章把它归咎为“两委”关系没有理顺，但问题的要害可能在于乡镇干部倾向于通过党组织来影响、乃至控制村委会。
社会学学者注意到乡镇干部与村干部的“共事依赖”38，及其行使权力“软硬兼施”的手段39，或者指出乡镇干部与村民委员会“指导关系”的多种形式40，但就大部分地区看，从乡镇有能力控制村委会行为这一点上讲，仍属“领导－被领导”关系。
乡镇控制村委会的倾向导致了政府与村委会和农民关系的紧张。媒体报道的零星个案已经显示了这一点。下面我将根据民政部一份材料进一步予以分析。这份材料是民政部为配合全国人大常委会执法检查，于2001年5月向全国人大常委会呈送报告所附的案例摘要。41案例摘要涉及福建、山东、海南、新疆和吉林5省、自治区，共50件。42选择这5个省、自治区，纯粹是因为全国人大常委会《
村民委员会组织法》执法检查所选择的省份。案例来源于民政部接待村民信访、上访情况，以及省民政厅上报材料。由于这些材料未经调查确证，本文在叙述时原则上不指明具体村庄和人物。但是，从材料来源看――竭力反映到高层机关的，往往有相当的冤屈和义愤，而民政部筛选这些案例作为上报材料，再次表明在他们眼里所反映的情况基本可信――其可靠性应当是比较强的。
在50件案例中，涉及选举31件，涉及村务交接、村委会成员被“免职”等合法当选村委会履行职责受阻的15件，涉及村委会干部腐败的3件，涉及村民代表会议决议有效性问题1件。其中矛头明确地针对乡镇政府、党委或者乡镇领导干预的28件（包括非法干预选举15件，免除村委会成员职务7件，其它非法干预村委会履行职责的6件），针对村党支部或者党支部书记的14件（从地缘上明显集中在山东，占11件；从类型上，非法参与、干预选举的8件，阻挠合法当选的村委会履行职责的5件）。
其中一个典型事例――《人民日报》也曾予以报道――是山东栖霞市4个镇57名“村官”因不满村党支部和镇党委、政府干预村委会行使职权，集体要求辞职。村党支部和镇党委、政府片面强调党领导一切，支部包办代替一切，以致新“村官”当选一年多，村里的财务、公章不交接，财务支出仍由支书一人说了算。镇党委、政府不但不解决“村官”们反映的问题，反而对村委会成员随意“诫免”甚至停职。43
上述材料表明，村民选举和当选村委会依法履行职责在当前村治中问题突出，远胜过村委会的腐败问题；而乡镇党委、政府和村党支部的非法干预，是村治中的突出矛盾。考虑到基层能够解决的问题一般不会反映到高层机关，所选案例确实存在“采样偏见”，未必准确代表村民自治过程中的全部问题。但反过来，高层机关所直接接触的往往是基层没能解决的，因而比较尖锐的和重大的问题。民政部筛选、上报的，可以想象也是着眼于这一目的。因此，它仍然反映村民自治遇到的最突出问题和最深层矛盾。
上述结论与河南省民政厅一位官员的分析结果也基本相符。他从河南省第三届村委会选举期间民政厅收到的大量上访信件中随机抽取100封进行统计，发现信访反映问题居前三位的分别是：选举没有按法定程序进行（31封），乡村政府对选举的违规“控制”（26封），不经选举就任命、撤换村委会成员（18封）。44如果把后两者相加，那么，矛头对着乡镇政府的就占了全部样本的44％。这还不包括其它问题背后可能涉及的乡镇政府。
