在诉讼中最重要的职能是控诉。由于长时间的国家中心主义支配了我们的生活，我们一直把公检机关联合看待，都是对犯罪的追诉机关。由于我国目前还没有建立完整的司法审查，侦查阶段，诉讼的全部内容就是公安机关收集证据、证实犯罪的行动；起诉阶段，尽管检察机关对侦查和案件的合法性有了一定把关，但诉讼的全部内容仍然是为了更好地夯实证据，确定犯罪。可以说，二者的共同目的都是揭露犯罪，控诉犯罪。职能细节的分化没有本质区别，从这一意义上说，审查起诉、提起公诉和支持公诉等活动，不过是侦查活动的逻辑延续和法庭审判的必要准备。为了以后的行文方便，我们就将二者通称为“侦控方”，这样，诉讼内部关系就简化为“侦控”、辩护和审判了。
在此基础上，无罪推定原则是如何在在诉讼内部实现，这里我们暂时不讨论辩护职能，仅仅从限制国家权力这一角度来分析问题，那么，这个问题就简化为，在诉讼侦、控、审三阶段，公安、监察、法院如何分别贯彻无罪推定原则的呢？
如我们前文论述，现代诉讼，侦控程序不管其内部关系多么复杂，都可以被成为审前程序。只有法庭审判才是诉讼核心，法庭的最终判决才具有定罪的作用。所以，贯彻无罪推定的核心机关是法院，而且我国目前的实际看来，也是法院贯彻最好。从法院职能分析，法院作为中立的裁判者当然不能先入为主，只能保持被告人的原有状态，即自然无罪的状态，一方面，法官必须尊重这一基本事实，即社会成员绝大多数事实上是无罪的，那么对犯罪嫌疑人、被告人也不能戴上有色眼镜，先验地认为有罪；二是，我们知道控辨双方的能力地位是不平等的，控方相对于辨方是天生的强者，为了维持这种诉讼结构的平衡，针对控方的有罪指控，审判者应当在认识上偏向于认定被告无罪。当然，我们现在的诉讼法做得还是不够的
我们目前针对无罪推定原则批判最多的就是如侦查阶段的刑讯逼供和无证调查等强制性措施，以及审前辩护权的不充分上，这些问题大部分存在于侦控阶段。我国诉讼法对于无罪推定的表述是“未经人民法院依法判决前，对任何人不得确定有罪”，要求被告人在审前程序中也得到公检机关的无罪看待。但是二机关的性质决定了他们的主要职能是对抗犯罪：公安机关负责调查犯罪事实，监察机关负责指控犯罪事实，二者共同的指向都是犯罪嫌疑人。从侦查到审查起诉、提起公诉和支持公诉甚至提起抗诉，公检都是在动态意义上追求胜诉的结局，从而实现惩罚犯罪、维护社会秩序等国家利益。在这种情况下，一方面是负责收集罪证，控告他，另一方面贯彻无罪推定又要求他们假定犯罪嫌疑人无罪，显然，这两个职能要求是直接矛盾和对立的。从逻辑上说，从事着相互矛盾诉讼职能的公检机关要么偏重于保障无罪的人权而忽视打击犯罪，要么倾向于犯罪而疏于保障，不可能二者兼顾。但是，实际上，面对当前打击犯罪的恶劣局面，打击犯罪是公检机关的最重要任务，在诉讼中尽管诉讼法明确规定公检机关要收集不利被告人的证据和事实，也要收集有利的，但是实践中，常常异化为公检只注重不利的犯罪证据的收集，对于有利被告的甚至故意隐而不提。如何协调这种职能和要求之间的矛盾，如何协调种关系，从而实现诉讼法规定的“尊重客观事实”呢？
这里涉及到一个对无罪推定的认识问题。什么是无罪推定？一个略为拗口的定义是：“普通法国家
刑法的一项基本原则，大意是被指控犯罪的人必须被推定为无罪，直到或除非他本人承认，或有无可怀疑的充足证明相反时为止” 戴维•M•沃克的《牛津法律大辞典》将无罪推定表述为“普通法国家
刑法的一项基本原则，大意是被指控犯罪的人必须被推定为无罪，直到或除非他本人承认，或有无可怀疑的充足证明相反时为止”。实际上对无罪推定的界定主要有如下三类：一、“被告人在被法院确定有罪以前，应推定为无罪的人。”这是大陆法的一般立法表述，以1789年法国《人权宣言》第九条“任何人在其未被宣告为犯罪以前应被假定为无罪”为代表。二、“任何人未经法院审判，不得被认为是犯罪的人。”，是苏联等东欧国家的常见表述，以1958年《苏联和各加盟共和国刑事诉讼纲要》第七条“非经法院刑事判决，任何人不能被认定为犯罪人并受到刑事处罚”为典型。我国现行
刑事诉讼法第
十二条“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”，亦属此种。三、“任何人在证明有罪以前，应当推定为无罪。” 以英国不成文诉讼规则及美国诉讼立法为主流。实际上，三种表述意思大体一致，但也有所差别。第一和第三种又不同的侧重点：前者强调法院审判的权威，确定了法律上、事实上判决前的无罪;后者则侧重从证据角度，强调证明在无罪推定中的重要作用，在犯罪没有被证实前，被告人被推定为无罪。我国的立法界于二者之间，很大程度上还是强调法院在定罪上的权威地位，而不是以无罪推定为第一要义。运用了法律的视角，以调和现实中在追诉犯罪时产生的冲突（例如实施强制措施）。
