在一般法律原理上，分支机构似乎也无需有特别的法律规定，然而，在我国法人分支机构的名不符实和法律关系的复杂多样，却不能不对此作出明确的法律规定。我国尚无关于法人分支机构的统一、系统的立法，大多是以司法解释为依据，因而法人分支机构在实践中的运行表现出形形色色的状态，因此产生的法律问题日益显露，诸如分支机构的法律地们的确定和统一；在立法上明确银行、保险分公司等特殊法人分支机构的地位；铁路运输部门法人分支机构的问题；分支机构的民事行为，分支机构经营活动的法律后果的承担等，法人的分支机构的法律地位，已成为我国进一步完善民事主体制度的内容之一②。
2、机关法人法律界线不清。
民法通则第
五十条规定，有独立经费的机关从成立之日起，具有法人资格。该条对机关的概念、分类、范围很不清楚，如果是指国家机关的话，国家机关是从事国家管理或行使国家权力，以国家预算作为独立活动经费的中央和地方各级国家机关。根据《
国务院组织法》、《地方各级人民代表大会和人民政府组织法》的规定，国务院和地方人民政府根据工作需要和精干的原则，设立必要的工作部门。人民政府根据工作需要以行政命令方式设立各委、办、局、站工作部门等，这些工作部门的权力来源于人民政府，并没有独立的经费，其经费来源于人民政府从财政拨款，从民法的角度看这些工作部门应属于分支机构。国家机关是从事国家公共事务管理或行使国家权力的职能，他不是以营利为目的从事民事活动，但，他也是社会的一部分，并不是脱离凡俗社会的神圣物，也要与社会发生一定的民事法律关系，他们行使职能的同时为了自身需要，在其职能范围之外，也要进行一些民事活动，这时国家机关就是以平等民事主体的身份出现③。例如从事买卖办公用品、租用办公场所、修理汽车或者汽车肇事赔偿等非职能行为，给他人造成损害时的赔偿责任，此时他们就是以民事主体出现在社会，如何确定他们的民事主体资格？及其法律依据？现在通常将人民政府设立的这些工作部门按机关法人。但，有时人民政府为了完成某一特定的事务设立一个机构的民事主体地位如何确定，如某市人民政府为解决城市人民用水困难，决定建一条引水工程，成立了一个指挥部，该指挥部以自己的名义与施工单位签订了施工合同，工程完工后，指挥部却由于市人民政府停止拨款而无力给付施工单位工程款，当施工单位找到市人民政府时，市人民政府答复称：该指挥部由市人民政府下发行政文件成立，该文件就是行政命令，属于依法成立，与市人民政府下属各局一样具有法人资格，因此，应由指挥部独立承担民事责任。如何确定这些工作部门的民事主体地位呢？而事实上，由于该指挥部既不是企业，也不是从事国家管理或行使国家权力，但，却是人民政府以行政命令成立的，所以很难界定其是否具备民事主体资格。再如，乡、镇人民政府的经济委员会、各站经常以其名义对外进行民事活动，当民事义务主体履行了义务，民事主体的权利得到了实现，各方均无异议则罢了，但在实践中产生纠纷而诉讼至法院的事情是经常发生的，他们也是人民政府设立的工作部门，又如何确定他们的民事主体资格？此类情况举不胜举。
