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（2）破除高新技术产业税收优惠的地理位置限制。虽然同属高新技术产业，却仅仅因为所处地理位置不同而享受不同程度的税收优惠待遇，这在我国是实际存在的。是否位于经济特区、是否位于高新技术产业开发区，都会影响企业的受惠程度，甚至于同属高新技术产业开发区还由于级别不同而使得企业的待遇不一。这种做法固然是考虑到了地区发展需要以及高新技术企业认定管理方面的一些便利，但是不利于区外企业利用自己的优势发展高新技术项目或产品。为了得到这些优惠，不少企业不得不劳民伤财迁移到特定的区域内，或者在该区域内登记注册之后却虚晃一枪，继续在区外从事生产经营，只是在账上将所有的业绩都归入区内企业。即使是高新技术产业开发区内的企业也未必所有的项目或产品都是实实在在的高新技术。因此应当摒弃这种针对高新技术产业的区域歧视政策。今后，不管是哪一个区域的企业，只要其在某个项目或产品上符合了高新技术的标准，即可针对该项目或产品提供优惠。这种实事求是的做法有利于调动所有优势企业的技术创新积极性，即使是中小企业，在整体技术实力和资金规模上比不上高新技术产业开发区内的大型企业，只要其在某个点上有所突破，也可得到国家的税收支持。与此同时，这种做法还可终止目前国家为高新技术企业的非高新技术项目或产品提供优惠的制度资源浪费，节约国家税收财政支出，为更有力地支持高新技术的发展增大财力供给。另外，税收优惠从地区、企业，转向项目、产品、环节，要求企业有完备的财务管理制度，这也更有利于加强对企业的依法监督和规范企业内部的管理行为。
（3）加大鼓励企业研究开发投入的政策倾斜力度。首先，要扩大企业研究开发费用的扣除适用的范围，不论企业是否盈利，在初始年度内均可据实税前列支，在后续年度，只要其投入比上年增长10%以上，均可按150%的比例扣除，超额部分作为鼓励企业科研开发投入的特别奖励；其次，要对所有用于研究开发的固定资产，如仪器、仪表、机器设备等实行加速折旧，折旧的年限由国家根据设备的价值及市场更新换代的速度分别加以规定。对于电脑等一年左右即可能被淘汰的固定资产，如果确为高新技术项目所需要，还可考虑放宽折旧年限的规定，或者允许其作为低值易耗品处理，以促进企业的设备更新。最后，在税前建立科技开发准备金制度，允许企业，特别是目前生产规模不大但有科技发展前途的中小企业，按其销售收入的一定比例提取科技开发风险准备金，以弥补其科研开发失败造成的损失。为了保证该基金确实用于科技开发，应同时规定准备金须在规定时间内用于研究开发、技术更新和技术培训等与科技进步相关的方面，对逾期不用或挪作他用的，应补缴税款并处以滞纳金。
（4）建立风险投资税收倾斜制度。首先，在对风险投资公司免征营业税的基础上还应对其长期实行较低的所得税率，以鼓励其从事科技开发和科研成果推广等高风险行业的投资；其次，对法人投资于风险投资公司获得的利润减半征收企业所得税，对居民投资于风险投资公司获得的收入免征或减征个人所得税；最后，对企业投资高新技术获得利润再用于高新技术投资的，不论其经济性质如何，均退还其用于投资部分已纳的企业所得税。
（5）进一步加强对科技人才培养和科技队伍稳定的税收支持。其一，在我国现阶段财力不足，教育投资有限的情况下，大力发展民间办学，无疑是推动我国教育事业的一条重要途径。对于企业、个人或社会团体投资兴办的各种学校和培训机构，可对其营业收入和应税所得予以减免营业税和所得税的优惠；其二，为了鼓励社会捐资办学，对社会各界向教育培训机构和科研机构的捐赠准许不受最高捐赠限额限制，均据实于税前列支；其三，为鼓励企业加强教育培训，可以考虑提高职工教育经费的税前提取比例；其四，为鼓励个人投资科学研究和技术开发、技术服务，应进一步修改《个人所得税法》，对科研成果奖励不分级别和性质，一律免征个人所得税；对个人转让专利权、非专利技术，特许权使用费的收入，以及技术咨询、技术服务所得，都应考虑合适的减免税措施，其营业税可以免征，而个人所得税则不妨效法稿酬所得的做法，增大其扣除部分的基数；其五，为了鼓励个人增加教育投资，提高科技文化水平，应该在征收个人所得税时将其教育方面的开支作为费用据实扣除；其六，对科研开发人员以技术入股而获得的股权收益，在计征个人所得税时应给予税基扣除的优惠；对从事科研开发的海外留学人员在华取得的工薪收入，可视同境外收入，在计征个人所得税时，适用附加费用扣除的规定。
5．WTO体制下发展高新技术产业的税收征管法对策
（1）降低纳税成本，推行报税电子化。早在200年前，西方经济学的鼻祖亚当·斯密即在其《国富论》中提出了税收的最小征收费用原则，[21]随着税法和税收征管实践的发展，降低税收成本，包括征税成本和纳税成本逐渐成为检验税收征管水平高低的重要原则，也成为了税收征管法改革的重要指导思想。由于现代计算机网络技术的发展，税收征管电子化已成为降低税收成本、提高税务行政效率的迫切需要，这也是当今世界各国的普遍做法。如走在前列的英国、美国、意大利、澳大利亚等国在电子征管方面都表现出以统一的税码相连接、以法律的形式相规范，以计算机及其网络贯穿征管全过程，纳税人、雇主、银行、税务多方制约、信息共享的特点。其中电子报税和利用计算机网络为纳税人提供服务是降低纳税成本、为高新技术产业提供税法支持的重要手段。
早在20世纪80年代初，我国就尝试在基层税务征管系统进行计算机管理试点，但由于资金、技术不足以及征管基础不规范，致使计算机的利用率低、范围窄、功能单一。随着90年代新税法的推进，国家税务总局明确提出了“以纳税申报和优化服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收、重点稽查”的征管改革模式，在全国城乡展开了新一轮的税收征管电子化工作，并已取得初步成效。[22]
在高新技术产业中，计算机等现代化组织管理手段的运用是比较普遍的，客观上也要求税务机关加快征管电子化步骤，为高新技术企业电子报税提供法律依据和技术支持。深圳蛇口国税分局为适应辖区内高技术化的趋势，从1997年开始便加紧进行征管电子化工程建设，到1999年8月已实现了税务管理、税款征收、税务稽查的无纸化办公，电话报税、银行储蓄扣税全面普及。纳税人足不出户，只需通过电话、计算机网络等先进技术手段即可迅速办理完毕相关涉税事宜。而北京市海淀区高新技术试验区的主管税务机关实现电子征管和报税的程度更是名列前茅。[23]这些都为高新技术产业的发展节约了纳税成本，优化了税收法制环境，因而是一种直接的支持。除了电子报税之外，高新技术企业或相关的单位、个人通过计算机互联网接受税务机关提供信息方面的服务，从中了解最新的法律法规和政策文件，以及各种报税的表格及操作技巧，也为高新技术产业纳税人及有志于投身于高新技术产业的任何人提供一条快捷、高效、低成本的信息服务渠道。
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