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2．所得税法的缺陷与不足。所得税法支持高新技术产业的发展既可以采取结果优惠的方式，也可以采取过程优惠的方式。而我国所得税恰恰在这一点上表现不佳，明显体现出结果优惠甚于过程优惠的特点，这对高投入、高风险且处于创业和发展初期的高新技术产业的支持力度是非常有限的。例如：（1）现行所得税对高新技术产业优惠的方式主要是税收减免，且规定一定的期限，大部分从投资的年度起算。这种做法对高新技术企业从事持续创新行为缺乏有效的激励，且企业投资初期由于无盈利或盈利水平低也很难实际从中得益，所以收效不大。（2）税收优惠以企业而不以具体的项目为对象。这一方面使得一些企业的非技术性收入也享受了优惠待遇，造成优惠泛滥，另一方面也使得一些有利于技术进步的项目或行为难以享受优惠，造成制度缺位，影响了税收优惠的整体效率。（3）个人所得税设计没有充分考虑个人教育投入和对科技人员的激励，影响居民教育投资的积极性，科研领域缺乏吸引力，科技人员队伍不稳定。（4）对企业研究开发投资鼓励力度不够。虽然我国税法允许企业研究开发费用按150％的比例扣除，但其适用范围仅限于研究开发费用比上年实际增长10％以上的盈利企业，且其50％的超额扣除不应超过其应税所得额。对企业研究开发投入规定增长要求当然无可厚非，这也是刺激企业加大科技投入的一种方法，但只对盈利企业提供优惠的做法使得投入巨大、正处于成长期的高新技术群体难以得到实惠，因此其引导作用自然受到影响。（5）加速折旧制度虽然允许存在，但限制过于严格，适用范围非常狭窄，不能满足高新技术企业设备更新的要求。就现代电脑技术的发展速度而言，电脑更新换代的周期一般是一年，税法规定的五年或二年的摊销期已落后于知识社会电脑设备更新的实际需要。（6）缺乏鼓励风险投资的税法措施，企业不能在税前提取风险投资基金，难于形成有效的科技风险投资机制。
3．税法统一实施方面的缺陷与不足。我国鼓励高新技术产业发展的税法措施由两部分组成，一是全国统一适用的规定，[6]二是部分地方政府自行制定的规定。[7]这些税法措施都是通过对一些税收法律或行政法规的某些条款进行修订、补充而形成的，或者干脆就是在地方政府的权力范围内通过变通的方式加以规定的，散见于各类与税收相关的通知、决定、命令等行政规章、地方性规章或规范性文件中。这种做法虽然解决了现实经济生活中高新技术产业发展寻求政策法律支持的迫切需要，但由于缺乏整体规划、统一协调，导致这些规定的功效很难相互促进，反而因矛盾、重叠、含糊而彼此抵消，不利于保持税法的完整性和权威性，很多规定的合法性与税收法定主义的标准衡量值得怀疑，不利于公民税收法律意识的形成和中国税收法治的深入进行，给贯彻实施带来了诸多不便。例如，由于各种优惠措施散见于许多法规、规章，甚至内部文件中，纳税人对其内容难以全面准确地了解和掌握，明显表现为透明度不够和难以统一实施，同时也造成许多优惠措施缺乏长期稳定性。由于税法宣传形式单一，宣传力度不够，加之对税法的修改和废除在行政规章、地方性规章以及行政规范性文件层面缺乏必要的公告和咨询查证系统，因此，如果不借助非常敬业的专业人士，纳税人自己很难准确地评估和利用各种税收优惠措施。这种税法环境对于高新技术产业的发展是十分不利的，因为高新技术企业除了承受技术风险、市场风险和投资风险外，还会因此承担法律风险：一旦对税法理解有误，就可能招致处罚；高新技术企业除了研究、开发和市场营销的成本费用居高不下外，还会因为不健全的税收法律环境而增加其纳税成本。
（五）WTO体制下中国发展高新技术产业的税法对策
中国已经成功地加入了WTO。在WTO这个自由开放的经济竞技场上，由于各国科技发展水平不一，经济势力悬殊，因此公平也只是一个相对的概念。不管是国民待遇、关税减让，还是反倾销、反补贴等，无非只是创造一个机会平等的竞争环境而已，而一国经济能否从中得益，最终还是取决在熟谙游戏规则的前提下自身竞争实力的增强。因此，在不与WTO规则体系发生积极冲突的条件下，各国政府无不充分利用各种宏观调控工具促进本国经济产业，尤其是代表未来综合竞争实力的高新技术产业的发展壮大。如果中国对加入WTO后的严峻形势缺乏清醒的认识，不善于发挥法律所包含的政策工具对高新技术产业的促进和扶持作用，那么，当国门洞开之时，必定也是中国民族产业在外国资本的强力挤压之下陷入困境的起始之日。因此，我们主张高新技术产业离不开国家的政策倾斜。WTO体制下中国发展高新技术产业的税法对策主要有：
1．WTO体制下发展高新技术产业的税收优惠对策[8]
（1）明确高新技术产业税收优惠权的主体，保证税收优惠措施的合法性
（2）改革税收管理体制，规范区域性税收优惠措施
（3）建立高新技术产业税收支出预算管理制度，提高税收优惠的效率
2．WTO体制下发展高新技术产业的关税法对策
因为降低关税是世界贸易组织成员必须履行的义务之一，所以加入WTO就意味着降低关税，中国也不例外。中国关税减让谈判的起点是1992年的关税水平，当年的平均水平为43.2％。1994年以来中国3次大幅度降低关税，第一次是1994年，关税平均水平从43.2％降到35.9％；第二次是1996年，从35.9％降到23%；第三次是1999年，从23%降到17%。[9]预计到2004年关税的平均水平将降到9－10％之间。尽管如此，由于WTO规则体系中本身就设计了许多特别保障条款和例外条款，因此在关税法领域，利用税率的调整以及公平交易税的开征，在发展经济、促进高新技术产业的发展方面仍然是大有作为的。
（1）免除部分进口设备和材料的进口关税。中国虽然已经规定为技术改造而引进的先进技术所必须附随的仪器设备，其价值在引进技术50％以下的免征关税，和为技术改造、生产制造新设备、新工艺所必须引进的关键仪器设备减半征收进口关税，但这种优惠面窄，且有数量和比例的限制，仍然不能完全满足高新技术企业对进口设备和技术的迫切需求。因此有必要扩大优惠面和优惠程度，对用于高新技术产业研究和开发进口仪器、仪表等试验和检测设备，试剂、材料和其他技术资料等免征关税。这种免征只要不是专门针对内资单位和个人，而是平等地适用于所有符合条件从事高新技术项目或产品研究和开发的单位或个人，就不违反国民待遇原则；只要对免征关税的进口设备或材料不设置国别限制，就不会构成违反最惠国待遇原则，至于关税的免除更不会与WTO关税减让义务发生冲突。因此，这种针对高新技术产业而设置的优惠不会引起世界贸易组织的异议，完全可以由中国政府自行决定采纳。
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