“首长批条子”有正面意义，可以通过简易方法，迅速解决下面的问题。但是，它也有负面问题。负面影响就是“非程序”，而非“程序”，是“人治”，而非法治。特别在处理证券市场违章操作案件时，“条子”可能导致处理同类案件的畸轻畸重，没有透明度和可预见性。部分违规操作的业内人士被处罚，他们并不认为是因为违法才被处罚，而是推导出一个扭曲的公式：领导人“批示”的案子就是“赶上了”，结果等于“该着倒霉”。还有许多同样的情况，领导人没有说要查办，他们该着“命好”。如果市场不受“条子”的影响，依照法律规定的程序来处理问题，就不会导出这样的不合理的公式。
另外，证券市场上还存在着另一种“非程序化人际关系调节”。这种调节主要表现在个别上市公司和个别证券市场业内人士的关系调节。1996年出现的“327国债期货事件”，1998年早期的“琼民源案件”和同年后期出现的“四川红光公司案件”等，分别反映了上市公司故意作假包装，会计师参与作假帐，律师参与作假文件。明知是“假”，明知作假违法，还要假包装上市，欺骗广大股民。这种调节的基础既非“行政计划”，亦非“行政规章”，更非“法律程序”，基础就是“人际关系”。为了人际关系，不惜牺牲原则；为了金钱利益，可以欺骗百姓。
在商业化和程序化的市场中，会计师和律师以专业和操守获得市场尊敬。但在非商业和非程序化市场中，会计师和律师弄虚作假并不感到脸红，因为他们依靠“关系”获得定单和客户，并非依靠专业与操守。在行政计划分配上市指标的环境下，“关系”调节还导致了个别政府官员的腐败和犯罪。
五、我国距离完善的市场还有多远？
我国证券市场发展要遵守客观科学规律，也要依靠前人经验。所谓遵守客观科学规律，市场要按照市场内在的规律来发展，不可以违反规律；所谓依靠前人的经验，就是市场只能按照现实“可能”的条件来发展。我国证券市场比较外国市场的历史发展，才刚刚起步。我国的市场发展还不能算是符合客观科学规律，也谈不到符合前人的经验。但是，幸运的是我国的发展还是比较平稳的。
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证券法》颁布后，标志着试验市场的阶段已经结束，“摸着石头过河”的时代已经结束。我国证券市场在1990年只有10家公司上市时，好比过小溪小河。现在有700多家公司上市，总市值超过万亿，已经发展成为大江大河了。小溪小河，可以“摸着石头”过去。现在在我们面前是长江黄河了。要在长江黄河上建大桥，不能靠“摸着石头”，而要依靠科学作基础了。
