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在立法过程中，对采购机构的定位是一个争议焦点。一种意见认为，采购机构与财政部门应当是代理关系，采购机构代理财政部门进行采购活动。***《上海市政府采购管理办法》(草案)第五条规定：“采购中心是本市市级政府采购机构，接受市财政局的委托，依照本办法的规定履行政府采购职责。”**在代理关系中，将出现三个问题：第一，采购机构不是缔约主体，只能以财政部门的名义与供应商签订采购合同；第二，采购机构不是诉讼主体，供应商发生违约时，采购机构不能直接对供应商提起诉论；第三，采购机构不承担违约责任，即因采购机构的故意或者过失造成采购合同不能履行的，采购机构不对供应商承担违约责任。而且，在实际操作中，采购机构与财政部门之间的代理关系，很可能转变成为行纪关系，从而违反了立法的初衷。
另一种意见认为，采购机构是政府授权的采购机构，是名副其实的独立法人，依法享有权利，承担义务，独立进行采购活动。采购机构以自己的名义与供应商签订合同；在供应商发生违约时，采购机构依法追究供应商的违约责任；采购机构发生违约时，依法向供应商承担违约责任。这样采购机构定位准确，与财政部门的关系清楚，各自的权利义务明确，有利于提高采购效益与效率。
但是，采购机构与使用单位之间的关系是各地立法没有解决的问题。这主要表现在发生产品质量和售后服务问题时，使用单位能否直接向供应商提出退换产品或者直接要求供应商提供售后服务。因此，政府采购立法应当明确使用单位有权直接要求供应商退换产品、提供售后服务，以减少中间环节，降低成本，从而符合政府采购制度的效益与效率原则。此外，供应商与使用单位之间关系的明确，也使得采购机构与使用单位之间的权利义务趋于明朗化。
笔者认为，现阶段设立政府采购机构是非常必要的，这样做有助于规范政府的采购行为，为企业创造自由、平等的竞争市场机制，并促进这种市场机制的成熟与完善。但政府采购机构今后的发展，仍值得进一步的探讨，从国外的情况看，采购机构既有属于政府的，也有属于民间的。英国和法国的集中采购机构主要有两种：一是国有的企业法人，通过提供采购服务，收取适当费用；二是机关法人，即政府采购局，主要是服务性的，不以盈利为目的，政府预算安排其日常开支。韩国设立国家采购厅，直接由总理领导。中央各部门和地方各级政府超过20亿韩元(大约200亿人民币)，各自治团体超过100亿韩元(大约1仟亿人民币)的特大型投资项目的招投标和采购管理工作，由国家采购厅实行集中采购。1993年，丹麦成立国家采购有限责任公司，旨在向政府机关和公共组织提供标准合同和简捷的交易服务以及专业化的知识技术，促使和保证政府采购活动有效地进行。丹麦国家采购有限责任公司负责采购信息设备、办公用品、家具、车辆、燃油、纸张、食物、清洁材料等物品及其相关的服务，但火车、飞机和地铁等交通工具和工程除外，向中标的供应商收取相当于合同价款的千分之八的手续费是其主要收入。澳大利亚是联邦制国家，各州的政府采购机构既有政府设立的公司，也有政府参股的公司。国外的这种做法可以借鉴。
六、政府采购申诉制度
以公开、公平、公正为原则，以公开招标方式为基础，以申诉制度为保障，三位一体构成政府采购制度的基本架构。政府采购制度的实质是通过制度设定公开的采购程序，增加采购的透明度，使采购活动在社会的监督之下进行，从而消除采购活动中的各种弊端。公开、透明的采购程序，是实行公开招标采购的前提条件，公开招标采购方式又体现了公开、透明的采购程序，是公开、公平、公正原则的具体化和实现。但是，公开招标采购不是政府采购的唯一方式，政府采购还存在其他的方式，而且政府采购制度对各种采购方式的适用条件都作出了严格的规定，政府在进行采购时既不得随意变更采购的方式。也不得任意改变具体的采购程序。这些制度能否落实以及落实的程度如何，还必须通过供应商申诉制度来保障。
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