第一，法院独立行使审判权与法官独立行使审判权的关系。我国宪法规定“人民法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉”
宪法明确规定人民法院独立行使国家审判权，但我们不应将法院独立行使审判权与法官独立行使审判权对立起来，两者并不矛盾。首先，法官独立是法院独立的基础。法院独立行使审判权是要通过法官参与审判活动来实现，没有法官的参与就没有法院的审判，基于这一意义我国法官法将独立审判具体化，作出了“法官依法审判案件不受行政机关、社会团体和个人的干涉”的规定，无疑法官是法院独立审判的主体，没有法官参与法院就无法独立，不是法官参与法院就失去独立。如果法官在审理案件过程中受到各种干扰，并使干扰之目的实现，那么审判就已超越了法院，法院独立行使审判权就无法实现。其次，法院独立行使审判权是法官独立行使审判权的表现。尽管法官独立地审理具体案件，并对具体案件作出处理意见，但法官不能以自己的名义对案件作出裁决，而应以法院的名义作出裁决。因此，法官独立行使审判权是法院独立行使审判权的具体化，法院独立行使审判权只有通过法官独立行使审判权才能得于实现，法院独立行使审判权是法官独立行使审判权的表现形式。
第二，法官独立行使审判权与审判委员会的关系。《
中华人民共和国人民法院组织法》第
十条规定，人民法院审判案件实行合议制和独任审判。该法同时也规定审判委员会讨论重大、疑难案件。根据法律规定，担任审判委员会委员的法官、合议庭法官和独任法官均可以行使审判权。按照审判组织原则审判委员会的决定合议庭必须执行，但在执行这一审判组织原则时，我们应当注意防止一种错误倾向，就是审判委员会委员以这一原则为由去干预合议庭法官和独任法官独立履行法官职责。审判委员会委员只能在审判组织形式下发表自己的意见，合议庭只受审判委员会确定意见（即多数意见）的约束，而不受审判委员会成员个人意见的约束。换言之，确定由审判委员会讨论的案件，审判委员会委员在合议庭法官或独任法官对案件作出处理意见之前，不能发表对案件的处理意见去影响合议庭法官和独任法官，更不能干涉合议庭法官和独任法官独立发表对案件的处理意见；如果审判委员会委员没有参与合议庭的案件，该案件又无须通过审判委员会讨论的，那么审判委员会委员就无权决定对案件的处理。倘若审判委员会委员在任何时候、任何状态下均可决定对案件的处理，那么合议庭和独任法官审判形式的存在就会形同虚设。在处理合议庭法官、独任法官和审判委员会委员的关系时，我们应注意避免一部分法官对另一部分法官在案件审判上行使支配权，形成“法官之上的法官”的关系，这种关系对独立审判是有害无益的。法官只根据证据和法律进行独立思维，对具体案件作出自己的处理意见，这才是科学的独立行使审判权的要求。
第三，法官独立行使审判权与资产阶级“法官独立”的关系。我国的法官独立行使审判权与资产阶级的“法官独立”，就其形式而言都可以称之为“法官独立行使审判权”，但两者所赋予的内容是不同的，其政治基础有着本质的区别，前者以人民民主专政和人民代表大会制为政治基础，后者则以资产阶级专政和“三权分立”为政治基础，因此，两者的基本含义以及在各自的政治制度和法律制度中的地位、作用是完全不同的，不能混淆。在我们的政治制度下，也应当保障法官独立行使审判权。
第四，法官独立行使审判权与党的领导和权力机关监督的关系。共产党是我国的执政党，审判权的行使不能离开党的领导，但我们绝不能把“法官独立行使审判权”视之为脱离党的领导，对党的领导要有一个正确的认识。党的领导应主要体现为政治上、组织上和思想上的领导，包括党领导人民制定政策和法律，并通过政策和法律来指导司法活动，选择政治素质和业务素质好的人担任法官，
教育法官秉公执法，健全和完善保障独立审判的各项制度；党的领导不是党委审批案件，也不是由党委确定对个案的具体处理，更不能借“党的领导”的名义去干扰法官独立行使审判权。法院的工作对权力机关负责并受权力机关监督，但这都必须依照法定程序进行，权力机关不能依据其领导和监督的职能去代替法官办案。
