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在人类长期演化的过程中，哲学界、社会学界、生物学界都在不停地探讨人的本质问题。库尔特·拜尔茨对此作了总结。他说，人的“本质”应有以下特点：1、具有普遍性，为每个个体的人及其全体同类所有；2、它不是本人或其他人制造出来的，而是与生俱来的；3、它是个体存在和自身发展的自然基础；4、它也是人的相界，是既不受支配也不能改变的。 根据人类本质的这些特点，人应该拥有自父母获得完整、未经人为改变的基因的基本权利。而且人类的自然演化结果本身就是一种权利，也就是人的内在价值，这样的演化结果使人有别于其他生物。因此，人们认为，人类的未来世代也有基因不受人为改变的权利，现代人不能在未经同意的情况下侵害未来世代的这种权利。而种系基因治疗被认为是对这种权利的侵害和干预，特别是种系基因治疗的某些措施甚至是父母为了防止后代产生某些违背自己心愿的性状，或为了形成或者强化人们所期望的素质而实施的，更是一种人为地侵害后代人权的行为。
3、基因治疗的滥用
种系基因治疗技术如果为独裁者所用，就可能造成两种结果：一是种族净化，一是制造奴役。由于“经典优生学家”按照哲学原则，以育种的方式进行繁殖的理论， 特别是希特勒以优生为名进行惨无人道的种族灭绝实践给人们带来了惨痛的记忆，人们至今谈“优生学”色变。 至于制造奴役，以往只在科幻小说见过。然而，种系基因治疗如果被滥用，却可能使某些人在利益驱动下，制造出“类人类生物”，让他们从事高难度、高危险性工作。
4、人为制造基因歧视
由于种系基因治疗结果会延续到下一代，这表明人类可以透过基因干预、选择自己的后代。如果将其用在增益目的上，不仅后代的健康可以选择，而且他们的身高、体重、爱好、特长、容貌以至性别等等都是可以选择的。孩子有健康的身体当然是每一个父母的心愿，但并不见得人人都会为自己的后代选择身高、体重、相貌、特长、性别等。再说，基因治疗的昂贵费用也不是所有想给孩子优化基因的父母所能支付的。因此，这可能造成某些人在智力、体力等方面具有优势，形成新基因社群主义，扩大社会阶层差距，一些不能或不愿为孩子优化基因的父母则可能遭到“让不当生命出生”的被指责，甚至起诉，他们的孩子也可能成为未来社会低级阶层的一员。以往影响人在社会上发展是“自然不平等”要素，如性别、年龄、种族等，而在将来则还要加上一项“基因”。也许后基因组时代的社会，“优化基因证书”的价值就如同大学毕业证书一样，不是优化基因者就没有资格担任重要的，或者是好的工作。保险公司则要求客户把“基因检验证书”和保险申请一齐送上才能投保。
从上面的分析可以看出，单就医疗性种系基因治疗来说，并没有太多不可接受的问题。人们所担心的是可能出现“连续诱感”（slipper-slope arguments）。所谓“连续诱感”即指：如果现在许可某些行为，将会导致日后无法接受的情况出现。因此为了避免日后无法接受的情况产生，现在我们就必须禁止这些行为的实行，即便行为本身是无害的。这一理论的一个重要前提，在于否认有任何可能在妥当行为与不妥当行为间划出合理界线。在种系基因治疗的例子上，反对者援引连续诱感理论，认为一旦允许医疗性种系基因治疗，即使是留给后代健康的身体这样较无道德争议的种系基因治疗类型，日后都有可能出现我们不能接受的情况，例如：主张选择后代的相貌、性别、身高、体重、智力等。 因此，为了避免这种情况的出现，目前无论是何种形式的种系基因治疗都不应被接受。
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