新法第六条规定，药品监督管理部门设置或者确定的药品检验机构，承担依法实施药品审批和药品质量监督检查所需的药品检验工作。在第六十九条、第七十条中，规定了药品检验机构及其工作人员的禁止行为；在第八十七条、第九十五条、第九十六条中，规定了药品检验机构及其工作人员的法律责任。
药品检验机构的工作任务是药品检验。药品监督管理部门可以设置或确定药品检验机构的规定，将药品检验机构分为两类，一是药品监督管理部门设置的药品检验机构。这类机构由药品监督管理部门设置，自然隶属于药品监督管理部门，其人、财、物均由设置它的药品监督管理部门管理，属国家所有。二是药品监督管理部门确定的药品检验机构，这类机构不隶属于药品监督管理部门，可属社会中介性质，也可隶属于其他部门或企业，事业单位。但是，这两类药品检验机构的权利义务、法律责任是相同的。
从药品检验机构的法律责任上看，与《
产品质量法》中从事产品质量检验的社会中介机构有许多雷同之处。药品检验机构与产品质量检验机构显著不同之处在于，产品质量检验机构是社会中介组织,必须依法设立，不得与行政机关和其他国家机关存在隶属关系或者其他利益关系。药品检验机构却无这方面的限制。
从法理上讲，不同性质的机构，不同身份的工作人员，虽然工作任务相同，因工作中违法而承担的法律责任也不相同。在《
产品质量法》中，产品质量监督部门与产品质量检验机构之间是监督与被监督的关系。而新《
药品管理法》中的药品监督管理部门与其设置的药品检验机构之间是领导与被领导的隶属关系，药品监督管理部门不可能将外部行政中对相对人使用的行政处罚适用于内部所属机构及其工作人员。对其所属机构的工作人员只能适用行政处分，而不适用行政处罚。显然，新法在立法上忽略两类了药品检验机构之间、药品检验机构与产品质量检验机构之间在性质上的不同及工作人员的身份不同。违法主体的性质不同，承担的法律责任也不应相同。否则，在实践中将无法操作。
药品检验机构是否可成为社会中介组织，脱离于国家机关或事业单位之外，是一个值得商榷的问题。根据我国药品检验机构的现状，它们属于事业单位，由政府投资设立，检验经费及人员经费由财政全额或差额拨款。如果将其推向社会并规定其不得协商收费，靠国家制定的收费标准、确定检验任务,其根本就无法生存。由于药品检验属于社会公益性工作，依赖于政府的强制力，它是药品监督管理行政工作的科学支撑和技术依托。在药品检验工作的同时，与其相关的技术工作和向药品监督管理部门提供药学审查意见及提供分析、法证调查及技术咨询服务等工作的资金投入均大于检验收费。除政府之外，任何单位或组织均不会投资设立投入多，回报少的药品专业检验机构。倘若允许药品专业检验机构协商收费或从事与药品有关的工作，那么药品检验结果的科学性和公正性将会受到威胁。药品检验工作专业性强，技术要求高，其权威必须大于风险。如果因检验的重复性差而出现严重误差，出具的检验结果有争议；或者检验机构及其工作人员无过错而造成的损失，相应的赔偿责任是不应承担、也无法承担的。所以，药品检验机构的法律地位，应当借鉴国外及香港、台湾地区的通行作法，将药品检验机构纳入政府部门，对外承担国家赔偿责任。
综上所述，新《
药品管理法》在立法上存有误区，带有较浓的计划经济色彩和不合理的职责设定及职权划分，尤其是关于药品检验机构的规定，将会削弱药品检验机构在药品监督管理工作中的地位，影响药品检验工作现代化建设。在实践中，由于“配合”一词不确定，两龙治水的部门之间扯皮不可避免，必然要损害企业的自主经营权；集权审批生产已有国家标准药品的作法，将会增加审批难度，限制药品市场的平等竞争，同时也使地方药品监督管理部门监督与管理的权利与义务不统一，挫伤地方的积极性。在法律责任一章中，有些行为的认定超出了药品监督管理部门的职权能力范围；有些能力罚也不易操作。关于药品检验机构单位犯罪的问题，还需在
刑法中作出规定。上述问题，仍须在立法中予以解决。
