免予起诉的适用必须以被告人认罪悔罪为条件，是基于：
　　１．在我国的刑事司法制度中，由于免予起诉的设置，对被告人免予刑事处罚就有两种处分形式可供选择：一是由人民法院通过审判程序作出免刑判决，一是由人民检察院通过审查起诉程序作免予起诉处理。为此，就需要对这两种免刑处分形式在适用上如何分工作出明确的规定，以保证两者能够各就各位、协调运作，而不致彼此冲突或互相取代。
　　２．前已述及，免予起诉和法院的免刑判决虽然都是免刑处分，但对被告人的处境来讲，免予起诉是更为宽宥的一种处理方式。因此，在被告人所犯罪行依法可以免处刑罚的情况下，是适用免予起诉，还是将其交付法院依法判处，这就要取决于被告人对其所犯罪行的主观态度。只有认罪悔罪者才能适用免予起诉，给以从宽处理，以体现“区别对待”的政策。至于其罪行本应判处刑罚的，则必须有显著悔罪、立功表现时才能适用免予起诉。总之，当初设立免予起诉制度的本意，就在于鼓励和促使犯罪分子走“坦白从宽”、“立功赎罪”的道路，如果免予起诉的适用不以被告人认罪悔罪为条件，它的设置也就没有意义了。
　　３．免予起诉只是免除了被告人的刑罚，并不免除其罪责，它仍然是一种有罪认定，正如同法院的免刑判决仍属有罪判决一样。但是，免予起诉的有罪认定与法院的有罪判决相比，是在被告人的辩护权受到一定限制的条件下作出的（按照现行法律规定只能自行辩护，不能委托辩护人；只能申诉，不能上诉）。根据“被告人有权获得辩护”的原则，被告人如果对检察机关的指控作无罪辩护，就应当提起公诉，由法院通过审判程序，在保证被告人充分行其辩护权、上诉权的条件下进行裁判，而不能由检察机关在被告人的辩护权的行使受到一定的限制并且不享有上诉权的情况下，通过免予起诉程序作出终局的有罪认定。
　　总之，以被告人认罪悔罪作为适用免予起诉的条件，可以一举解决免予起诉运作中的两个基本问题。其一，明确具体地解决了免予起诉和法院的免刑判决这两种免刑处分形式在适用上应当如何分工的问题。在被告人所犯罪行依法可以免刑的情况下，对认罪悔罪者适用免予起诉，对作无罪辩解的，提起公诉，由法院依法裁判，分工明确，界限清楚，便于司法实践中操作应用。其二，强化了辩护权、审判权对免诉权的制约作用。对被告人作无罪辩解的不能适用免予起诉，而应当提交法律审判，这就把辩护权对免诉权的制约由事后的救济措施（不服免予起诉决定时可以提出申诉）变为适用免予起诉的阻却条件，并且把免予起诉的制约机制由局限于检察机关内部的自我约束，扩大为控、辩

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