因此，对于现行的免予起诉制度，所需要研究解决的不是存废问题，而是如何针对它存在的问题和缺陷，加以修改、完善，使之更好地发挥作用的问题。
二、免予起诉的适用应以被告人认罪悔罪为条件
根据对近年来免予起诉制度实际运作中存在的问题和它本身固有的某些特点（包括优点和缺陷）的分析研究，以及从我国过去的有关规定和外国的某些经验中得到的启发，笔者认为，免予起诉制度存在的主要问题是：在立法上没有根据免予起诉这种处分形式的特点，将被告人认罪悔罪作为适用免予起诉的条件，从而导致实践中免予起诉适用范围的扩张。
关于免予起诉的适用条件，现行立法的规定是：“依照
刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以免予起诉。”（《
刑事诉讼法》第
101条）这一规定只是赋予了检察机关免邢处分权，并没有解决检察机关适用免予起诉的条件问题。因为，“依照刑罚规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的”，同样也是人民法院作出免刑判决的根据。也就是说，这一规定并没有具体解决检察机关和法院在适用免刑处分上应当如何分工的问题。由此可见，近年来司法实践中存在的适用免予起诉不当，把本来应提交法院审判的案件也作了免予起诉处理的“免诉率过高”的问题，不能只归咎于执法不严，现行立法规定本身存在缺陷也是重要的甚至是根本性的原因。
在
《刑法诉讼法》颁布以前，我国的立法和司法实践中一直将被告人有认罪悔罪表现作为适用免予起诉的条件。１９５６年全国人大常委会《关于处理在押日本侵略中国战争犯罪分子的决定》中规定：“对于次要的或者悔罪表现较好的日本战争犯罪分子，可以从宽处理，免予起诉。”最高人民检察院检察长张鼎丞在１９５７年一届人大四次会议上作的《关于１９５６年以来检察工作情况的报告》中谈到当时检察机关适用免予起诉的情况时指出：“各级人民检察院……对于按其罪行应该追刑事责任，但系真诚坦白或者有立功表现可以免予刑罚的分子，作出免予起诉的决定。”（转引自宋军著：《免予起诉制度》，中国政法大学出版社出版，第９５页）１９６３年起草的《
中华人民共和国刑事诉讼法草案》（初稿）中规定：“对被告人应当起诉，但是人民检察院认为确有必要的时候，对于有下例情形之一的被告人，可以免予起诉：（一）有显著悔罪、立功表现需要免予起诉；（二）罪行较轻，有悔罪表现的。”但是，在１９７９年制定《
刑事诉讼法》时未吸收《草案》中有关免予起诉的适用应以被告人认罪悔罪为条件的规定，其结果是导致实践中不适当地扩大免予起诉的适用范围，把本来应当提交法院审判的案件也作了免予起诉处理。
