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原则上，网际网路的商业化利用与网址名称的关系极为密切，也因此引发了网址名称与商标间的复杂关系。由于网址名称与商标均采属地主义与先申请主义，因此各国都有人利用此等原则，抢先申请他人商标作为自己的网址名称。例如国内厂商登记雅虎（Ｙａｈｏｏ！）名称作为网站，亦有人在国外先登记ｗｗｗ．ｒｏｃ．ｃｏｍ与ｗｗｗ．ｔａｉｐｅｉ．ｃｏｍ等网址名称，而大陆新华社香港分社更将ｗｗｗ．Ｔａｉｗａｎ．ｃｏｍ在美国抢先登记。
为解决此等日益扩大的争议，国际网路管理单位于一九九七年五月于瑞士日内瓦签订一般高阶网域谅解备忘录（Ｔｈｅ Ｇｅｎｅｒｉｃ Ｔｏｐ Ｌｅｖｅｌ Ｄｏｍａｉｎ Ｍｅｍｏｒａｎｄｕｍ ｏｆ Ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ，ｇＴＬＤＭｏｕ），确立了网址名称制度改革的基本原则与方针，并展开大规模的改善措施，一方面增加网址名称的供应与改善网址名称的登记制度，一方面建立网址名称争议的解决机制。
不过，美国商务部则于一九九八年一月三十日就网址名称问题提出所谓的绿此书（Ｇｒｅｅｎ Ｐａｐｅｒ），却对网址名称提出不同的解决提议。由于美国其他国家间就网址名称的解决方案不同，再加上其解决方法与ｇＴＬＤ－ＭｏＵ的方式不同，以致于新的高阶网城名称以及相关的登记机构无法展开运作，因此如何解决，则有待未来的观察。此等问题也将牵动网址名称与商标间的互动问题。
与此同时，美国专利商标局也在一九九八年一月十六日重新公布了登记网址名称作为商标的审查原则，原则上若要申请网址名称作为商标，申请人必须证明其确实利用网路提供服务。因此，申请人于申请时必须提供使用网址名称作为来源标帜（ｓｏｕｒｃｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）的证明。若仅将网址名称作类似电话号码或是名片、广告等使用，仍无法满足注册的条件。由于美国专利商标局开放网址名称亦可注册商标，再加上原有的抢注他人商标为网址名称等问题，网路电子商务将不可避免会面临商标与网址名称的挑战。
（三）其他与电子商务有关的智慧财产权
除了著作权与商标之外，其他的智慧财产权，例如专利与营业秘密亦与网路电子商务有密切的关系。例如除与网路设备硬体方面的专利外，软体专利以及与Ｉｎｔｅｒｎｅｔ有关的软体专利之申请与核准案件都不断地增加，因此厂商在利用网路过程中，专利侵害问题可能会因为网路发展而不断增加。而在营业秘密的保护方面，根据美国经济间谍法（Ｅｃｏｎｏｍｉｃ Ｅｓｐｉｏｎａｇｅ Ａｃｔ，ＥＥＡ），利用网际网路侵害美国厂商营业秘密之行为，美国法院亦有权管辖。再加上由于拆封合的盛行，许多网站纷纷利用属于定型化契约的拆封合约禁止被授权人以还原工程或是反组译的方式探知其营业秘密，进而在网际网路上保护其营业秘密。由于电子商务无法脱离智慧财产权之保护，再加上与网路有关的智慧财产权法规仍在不断变动中，因此发展电子商务亦不可忽视智慧权法规之演变。
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